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Genpac Plug-in for Subio Platform
Genpac Plug-inは株式会社Subioの提供する無料のオミクスデータ管理・可視化ソフトウェアSubio PlatformからFirefox、IEなどのウェブブラウザを介してGENPACにアクセスし、テキストマイニングによって得られた遺伝子の相互作用情報を提供するサービスです。
機能の紹介
- Subio Platformの管理するデータから1個の遺伝子を選択し、GENPACにアクセスしてPubMedアブストラクトに記述された遺伝子の相互作用情報の閲覧・ダウンロード、相互作用する遺伝子リストのダウンロード、相互作用する遺伝子リストのGene Ontologyによるアノテーションを行います。
- Subio Platformの管理するデータに含まれる遺伝子リスト（上限300個）について、GENPACにアクセスしてPubMedアブストラクトに記述されたリスト中の遺伝子の相互作用情報のダウンロード・リスト中の遺伝子のGene Ontologyによるアノテーションを行います。
- 検索した遺伝子リスト・相互作用情報・Gene Ontologyによるアノテーション結果は履歴に保存でき、ウェブブラウザを用いてGenpac Plug-inのウェブサイトにログインしてどこからでも確認できます。
- 現在、ヒト（Homo sapiens）、マウス（Mus musculus）、ラット（Rattus norvegicus）、ゼブラフィッシュ（Danio rerio）、ショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）、線虫（Caenorhabditis elegans）、シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）、出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）、分裂酵母（Schizosaccharomyces pombe）、枯草菌（Bacillus subtilis）、大腸菌（Escherichia coli）の11種の生物種をサポートしています。
価格
動作環境
- Subio PlatformがインストールされたWindows PC
- Firefox 3.0, Internet Explorer 7での動作を確認していますが、Gene Ontologyによるアノテーションのパフォーマンスを考慮するとFirefox 3.0以降を強く推奨します。
- ※保存した履歴の閲覧はWindows以外の環境でも可能です。
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