複数遺伝子検索
Subio PlatformのPlug-insパネルでSearch Gene List By Genpacをクリックすると、複数遺伝子検索画面が開かれます。この画面から、Subio Platformから送信された遺伝子リストの相互作用情報のダウンロード、遺伝子リストのGene Ontology解析、個々の遺伝子の相互作用情報の閲覧が行えます。
複数遺伝子検索画面
- ① 生物種名：Genpac plug-in PreferencesのOrganismで指定した生物種です。
- ② 無効入力リスト表示ボタン：ボタンをクリックすると、Subio Platformから送信されたリストのうち、Genpac DBで遺伝子がヒットしなかったもののリストの表示枠を開きます。
- ③ 入力遺伝子数：Subio Platformから送信された遺伝子数です。
- ④ 検索ヒット数：Subio Platformから送信されたリストのうち、Genpac DBでの検索でヒットした遺伝子数です。
- ⑤ 表示件数切り替えメニュー：25件, 50件, 100件, 全件から選択して1ページ中に表示される件数を変更します。送信された遺伝子数が1ページあたりの表示件数より多い場合、リストは複数のページに分割されます。
- ⑥ 前ページ移動ボタン：現在表示しているページの1つ前のページに移動します。
- ⑦ 次ページ移動ボタン：現在表示しているページの1つ次のページに移動します。
- ⑧ ページ切り替えメニュー：プルダウンメニューで選択したページに移動します。
- ⑨ Inputカラムソートボタン：見出し欄をクリックすると、Inputカラムの内容でテーブルをソートし、見出し欄の文字が赤く変化します。クリックするたびに降順ソート・昇順ソートが交互に切り替わります。
- ⑩ Matchカラムソートボタン：：見出し欄をクリックすると、Matchカラムの内容でテーブルをソート、見出し欄の文字が赤く変化します。クリックするたびに降順ソート・昇順ソートが交互に切り替わります。
- ⑪ 検索キーワード：Subio Platformから送信した検索キーワード。シンボル名かEntrez Gene IDのいずれかを受け付けます。
- ⑫ 遺伝子シンボル名：遺伝子シンボル名をクリックすると、クリックした遺伝子の相互作用情報画面に移動します（→相互作用情報画面）。
- ⑬ 遺伝子名：遺伝子のフルネームです。
- ⑭ Entrez Gene ID：検索でヒットした遺伝子のEntrez Gene ID。Entrez Gene IDはEntrez Geneへのリンクになっています。
- ⑮ 遺伝子リストダウンロードボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで「ファイルを保存する」を選択すると、検索でヒットした遺伝子の遺伝子シンボル名, 遺伝子名, 生物種名, Gene IDをタブ区切りのテキストファイルで出力します。
- ⑯ GO Enrichmentボタン：検索でヒットした遺伝子リストに対してGene Ontology解析を実行します（→Gene Ontology解析画面）。
- ⑰ Bulk Searchボタン：検索した遺伝子リスト中の各遺伝子について相互作用情報の検索を実行します。検索結果は1つのタブ区切りテキストファイルにまとめられ、ダウンロード先のURLがユーザー登録したメールアドレスに送信されます（→複数遺伝子の相互作用情報の検索・ダウンロード）。
- ⑱ 履歴保存ボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで適当な名前を入力して保存すると、ユーザーごとの履歴にここで検索した遺伝子リストが保存されます。保存した遺伝子リストは履歴画面から呼び出せます（→履歴画面）。
- Bulk Searchボタンをクリックすると、検索リクエスト完了画面が表示されます。
- ① Back to Input Gene Listリンク：クリックすると複数遺伝子検索画面に戻ります。
- 検索が完了する（検索する遺伝子数が多い場合、しばらく時間がかかります）と、ユーザー登録したメールアドレスに検索結果をダウンロードするためのウェブページのURL（①）が送信されます。
- メールに記載されたURLをウェブブラウザで開き、リンク（①）をクリックしてzipファイルをダウンロードします。
- ダウンロードしたzipファイルを解凍します。
- ① XGMMLファイル：相互作用ネットワーク表示用ファイル。
- ② TSVファイル：相互作用情報のタブ区切りファイル。
ダウンロードした相互作用情報の利用
- ダウンロードした相互作用情報の閲覧には、エクセル等でTSVファイルを開きます。
- ① 主語のカテゴリー： G: 遺伝子, C: 化合物, D: 疾患, F: ファミリー名
- ② 主語
- ③ 動詞
- ④ 動詞（相互作用情報が抽出されたセンテンス中での活用形）
- ⑤ 目的語のカテゴリー：G: 遺伝子, C: 化合物, D: 疾患, F: ファミリー名
- ⑥ 目的語
- ⑦ PubMed ID
- ⑧ 出版年
- ⑨ ジャーナル名
- ⑩ 相互作用情報が抽出されたセンテンス
- ダウンロードした相互作用ネットワークの閲覧には、CytoscapeでXGMMLファイルを開きます。Cytoscapeについては「Cytoscapeとは」、Cytoscapeを利用した相互作用ネットワークの表示については「How to use GENPAC 基礎編」のCytoscapeによるネットワーク表示と「How to use GENPAC 応用編5 2点間の経路探索」をご覧ください。
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