相互作用情報
一遺伝子検索画面や複数遺伝子検索画面で遺伝子シンボル名をクリックすると、クリックした遺伝子の相互作用情報画面が開かれます。相互作用情報は、PubMedのアブストラクトから自然言語処理により相互作用する遺伝子・化合物・疾患を主語と目的語、相互作用の関係を動詞に持つセンテンスとして抽出しています。この画面から、相互作用情報に登場する遺伝子のリストに対してGene Ontology解析が行えます。
相互作用情報画面
- ① 遺伝子シンボル名：相互作用情報を検索した遺伝子シンボル名です。
- ② 生物種名：Genpac plug-in PreferencesのOrganismで指定した生物種です。
- ③ 遺伝子詳細情報表示ボタン：ボタンをクリックして表示されるボックスに、相互作用情報を検索した遺伝子のEntrez Gene ID、遺伝子の別名、遺伝子に関連付けされているGO IDとGO Termを表示します。Entrez Gene IDはEntrez Geneに、GO IDはAmiGOにそれぞれリンクしています。
- ④ Advanced Filter表示ボタン：センテンス中のキーワード・発表年・相互作用する相手のカテゴリー・ジャーナル名で相互作用情報の絞込みを行うパネルを表示します（→Advanced Filterパネル）。
- ⑤ 相互作用情報件数：検索でヒットした相互作用情報の件数です。相互作用情報の絞込みを行うと、絞り込み結果の件数になります。
- ⑥ ページメニュー：1ページあたりの相互作用情報の表示件数の設定とページ移動のメニューです。使い方は複数遺伝子検索画面のものと同様です。
- ⑦ 主語ソート・絞込みメニュー：相互作用情報の主語で昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します（→主語/動詞/目的語ソート・絞込みパネル）。
- ⑧ 動詞ソート・絞込みメニュー：相互作用情報の動詞で昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します（→主語/動詞/目的語ソート・絞込みパネル）。
- ⑨ 目的語ソート・絞込みメニュー：相互作用情報の目的語で昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します（→主語/動詞/目的語ソート・絞込みパネル）。
- ⑩ 件数ソート・絞込みメニュー：主語・動詞・目的語の組み合わせが同一の相互作用情報の件数で昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します（→件数ソート・絞込みメニュー）。
- ⑪ 主語：相互作用情報の主語です。主語が遺伝子（青字で表示）である場合、クリックするとその遺伝子の相互作用情報を検索し、新しい相互作用情報画面に移動します。
- ⑫ 動詞：相互作用情報の動詞です。
- ⑬ 目的語：相互作用情報の目的語です。目的語が遺伝子（青字で表示）である場合、クリックするとその遺伝子の相互作用情報を検索し、新しい相互作用情報画面に移動します。
- ⑭ 件数：主語・動詞・目的語の組み合わせが同一の相互作用情報の件数です。
- ⑮ 相互作用情報抽出元：相互作用情報を抽出した文献のPubMed ID・発表年・ジャーナル名と相互作用情報が含まれているセンテンスです。PubMed IDはPubMedへのリンクになっています。センテンス中の主語・動詞・目的語部分はそれぞれ青・赤・オレンジでハイライト表示しています。
- ⑯ Backボタン：現在表示されている相互作用情報画面の一つ前の画面に戻ります。
- ⑰ GO Enrichmentボタン：現在表示されている相互作用情報に含まれる遺伝子のリストでGene Ontology解析を行います（→Gene Ontology解析画面）。
- ⑱ 遺伝子リストダウンロードボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで「ファイルを保存する」を選択すると、現在表示されている相互作用情報に含まれる遺伝子のリストをテキストファイルで保存します。
- ⑲ 相互作用情報ダウンロードボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで「ファイルを保存する」を選択すると、現在表示されている相互作用情報をタブ区切りテキストでダウンロードします。ダウンロードされるファイルについては、複数遺伝子の相互作用情報の検索・ダウンロード、ダウンロードした相互作用情報の利用をご覧ください。
- ⑳ 履歴保存ボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで適当な名前を入力して保存すると、ユーザーごとの履歴にここで検索した相互作用情報を保存します。絞り込み結果は保存されません。保存した相互作用情報は履歴画面から呼び出せます（→履歴画面）。
Advanced Filterパネル
- ① Advanced Filterパネル開閉ボタン：クリックするとAdvanced Filterパネルが開閉します。相互作用情報の絞込みが実行されている状態ではボタンの文字が赤くなっています。
- ② キーワード入力欄：キーワードを入力しApply Filterボタン（⑫）をクリックすると、相互作用情報の抽出されたセンテンス中にここで入力したキーワードが含まれてる相互作用情報を抽出します。センテンス中のキーワードによる相互作用情報の絞込みを解除するには、入力したキーワードを消去してApply Filterボタン（⑫）をクリックしてください。
- ③ 発表年入力欄：年を入力しApply Filterボタン（⑫）をクリックすると、入力した年に発表された文献を抽出します。発表年の範囲を指定して抽出したい場合は、例えば「2005-2007」と入力すると2005年から2007年の間に発表された文献を抽出します。発表年による相互作用情報の絞込みを解除するには、入力した年を消去してApply Filterボタン（⑫）をクリックしてください。
- ④ 相互作用対象選択パネル開閉チェックボックス：このチェックボックスにチェックを入れると、相互作用情報を検索した遺伝子の相互作用対象を選択するパネル（⑤）を表示します。相互作用対象による相互作用情報の絞込みを解除するには、このチェックボックスのチェックを外してApply Filterボタン（⑫）をクリックしてください。
- ⑤ 相互作用対象選択パネル：チェックボックスにチェックを入れて（複数可）、相互作用情報を検索した遺伝子の相互作用する相手のカテゴリーを指定します。例えば「Chemical」にチェックを入れてApply Filterボタン（⑫）をクリックすると、相互作用情報を検索した遺伝子と化合物の相互作用情報が抽出されます。
- ⑥ All Checkボタン：クリックすると相互作用対象選択パネル（⑤）中の全チェックボックスにチェックが入ります。
- ⑦ All Clearボタン：クリックすると相互作用対象選択パネル（⑤）中の全チェックボックスのチェックが解除されます。
- ⑧ ジャーナル選択パネル開閉チェックボックス：このチェックボックスにチェックを入れると、ジャーナルを選択するパネル（⑨）を表示します。ジャーナルによる相互作用情報の絞込みを解除するには、このチェックボックスのチェックを外してApply Filterボタン（⑫）をクリックしてください。
- ⑨ ジャーナル選択パネル：チェックボックスにチェックを入れて（複数可）、相互作用情報の記載されているジャーナルを指定します。Apply Filterボタン（⑫）をクリックすると、チェックを入れたジャーナルに記載されている相互作用情報が抽出されます。
- ⑩ All Checkボタン：クリックするとジャーナル選択パネル（⑨）中の全チェックボックスにチェックが入ります。
- ⑪ All Clearボタン：クリックするとジャーナル選択パネル（⑨）中の全チェックボックスのチェックが解除されます。
- ⑫ Apply Filterボタン：クリックすると設定した抽出条件で相互作用情報の絞込みを実行します。抽出条件がすべてクリアされている場合は相互作用情報の絞込みが解除されます。
主語/動詞/目的語ソート・絞込みパネル
- ① 主語/動詞/目的語ソート・絞込みパネル開閉ボタン：Subjective/Verb/Objectiveの文字をクリックすると主語/動詞/目的語ソート・絞込みパネルが開閉します。相互作用情報の絞込みが実行されている状態ではSubjective/Verb/Objectiveの文字が赤くなっています。
- ② 昇順ソートボタン：クリックすると主語/動詞/目的語の昇順に相互作用情報をソートします。
- ③ 降順ソートボタン：クリックすると主語/動詞/目的語の降順に相互作用情報をソートします。
- ④ 主語/動詞/目的語選択パネル開閉チェックボックス：このチェックボックスにチェックを入れると、主語/動詞/目的語を選択するパネル（⑤）を表示します。主語/動詞/目的語による相互作用情報の絞込みを解除するには、このチェックボックスのチェックを外してFilteringボタン（⑧）をクリックしてください。
- ⑤ 主語/動詞/目的語選択パネル：主語/動詞/目的語に登場する用語の一覧が表示されます。チェックボックスにチェックを入れて（複数可）、主語/動詞/目的語を指定します。Filteringボタン（⑧）をクリックすると、主語/動詞/目的語がチェックを入れた用語である相互作用情報を抽出します。
- ⑥ All Checkボタン：クリックすると主語/動詞/目的語選択パネル（⑤）中の全チェックボックスにチェックが入ります。
- ⑦ All Clearボタン：クリックすると主語/動詞/目的語選択パネル（⑤）中の全チェックボックスのチェックが解除されます。
- ⑧ Filteringボタン：クリックすると主語/動詞/目的語が主語/動詞/目的語選択パネルでチェックした用語である相互作用情報を抽出します。主語/動詞/目的語選択パネル開閉チェックボックス（④）のチェックが外れている場合は相互作用情報の絞込みを解除します。
件数ソート・絞込みパネル
- ① 件数ソート・絞込みパネル開閉ボタン：#Hitsの文字をクリックすると件数ソート・絞込みパネルが開閉します。相互作用情報の絞込みが実行されている状態では#Hitsの文字が赤くなっています。
- ② 昇順ソートボタン：クリックすると件数の昇順に相互作用情報をソートします。
- ③ 降順ソートボタン：クリックすると件数の降順に相互作用情報をソートします。
- ④ 件数入力欄1：この欄に件数を入力しFilteringボタン（⑦）をクリックすると、同一の主語・動詞・目的語の組み合わせが入力した件数以上存在する相互作用情報を抽出します。
- ⑤ 件数入力欄2：この欄に件数を入力しFilteringボタン（⑦）をクリックすると、同一の主語・動詞・目的語の組み合わせが入力した件数以下存在する相互作用情報を抽出します。
- ⑥ 件数入力欄3：この欄に件数を入力しFilteringボタン（⑦）をクリックすると、同一の主語・動詞・目的語の組み合わせが入力した件数存在する相互作用情報を抽出します。
- ⑦ Filteringボタン：クリックすると件数入力欄1/2/3（④⑤⑥）に入力した数値に従って相互作用情報の絞込みを行います。件数入力欄1/2/3のいずれにも数値が入力されていない状態でクリックした場合は相互作用情報の絞込みを解除します。
|
