Gene Ontology解析
Gene Ontologyとは、遺伝子産物がどのような生物学的プロセスに関与するか、どのような細胞構成要素に含まれているか、どのような分子機能を持っているかを記述するための体系化された用語（GO term）とその用語間の関係を定義したものです。ある遺伝子群に含まれるそれぞれの遺伝子に割り当てられたGO termを集計することで、その遺伝子群の機能アノテーションを行うことをGene Ontology解析といいます。Genpac Plug-inでは、Subio Platformから入力された遺伝子リストあるいはある遺伝子の相互作用情報に登場する遺伝子のリストに対してGene Ontology解析を行います。
GOテーブル画面
遺伝子リスト中にどのようなGO termが割り当てられた遺伝子がどのくらいあるか、遺伝子リストの機能的特徴を示すGO termはどれか、といったGene Ontology解析の結果をテーブルで表示しています。
注意：Gene Ontology解析は処理する遺伝子数により10分以上時間がかかる場合があります。サーバからの検索結果を待っている間、画面中に「Searching the GO list. Please wait.」と表示されます。その後GOツリーを構築する間、画面中には「Constracting the GO tree: xx% progress.」と表示されてます。この表示が消えると処理は完了です。
- ① 表示画面選択：ラジオボタンのチェックによりGOテーブル画面とGOツリー画面を切り替えます。
- ② 遺伝子リスト表示ボタン：ボタンをクリックして表示される枠にGene Ontology解析を行った遺伝子リストを表示します。Entrez Gene IDはEntrez Geneへのリンクになっています。
- ③ 遺伝子数表示：Gene Ontology解析を行った遺伝子リストの遺伝子数を表示します。
- ④ p-value閾値設定：この枠に入力された値未満のp-valueであるGO termがテーブルに表示されます。初めてGene Ontology解析を行った場合、この枠には0.05が入力されています。ユーザーがこの枠に入力した値はウェブブラウザのクッキーに記録され、次回以降にも同じ値が利用されます。
- ⑤ ページメニュー：1ページあたりの相互作用情報の表示件数の設定とページ移動のメニューです。使い方は複数遺伝子検索画面のものと同様です。
- ⑥ データベース内遺伝子数ソート・絞込みメニュー：Genpacデータベースに登録されている遺伝子のうちでそのGO termが割り当てられている遺伝子数で結果を昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します。ソート・絞込みパネルは相互作用情報画面の件数ソート・絞込みメニューと同様です。
- ⑦ 遺伝子リスト内遺伝子数ソート・絞込みメニュー：Gene Ontology解析を行った遺伝子リスト内でそのGO termが割り当てられている遺伝子数で結果を昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します。ソート・絞込みパネルは相互作用情報画面の件数ソート・絞込みメニューと同様です。
- ⑧ p-valueソート・絞込みメニュー：GO termのp-valueで結果を昇順・降順ソート、絞込みを行うパネルを表示します。ソート・絞込みパネルは相互作用情報画面の件数ソート・絞込みメニューと同様です。
- ⑨ GO ID：GO IDはAmiGOへのリンクになっています。
- ⑩ GO term：GO termをクリックするとGOツリー画面に切り替わり、GOツリー上のクリックされたGO termをハイライト表示します。
- ⑪ データベース内遺伝子数：Genpacデータベースに登録されている遺伝子のうち、そのGO termが割り当てられている遺伝子数です。遺伝子数が300以下の場合青字で表示され、クリックすると該当する遺伝子リスト画面に切り替わります（→同一カテゴリー遺伝子リスト）。
- ⑫ 遺伝子リスト内遺伝子数：Gene Ontology解析を行った遺伝子リスト内でそのGO termが割り当てられている遺伝子数です。
- ⑬ p-value：GO termごとに「Genpacデータベースに登録されている遺伝子数」、「Gene Ontology解析を行った遺伝子リスト中の遺伝子数」、「Genpacデータベース内でそのGO termが割り当てられている遺伝子数」、「Gene Ontology解析を行った遺伝子リスト中でそのGO termが割り当てられている遺伝子数」の4つの値から、「そのGO termを割り当てられている遺伝子が解析を行った遺伝子リストに偏って存在していない」ことが成り立つ確率をフィッシャーの正確確率検定（片側検定）で計算しています。
- ⑭ スコア：p-valueの対数に-1をかけた値を、最大値が100%となるように赤いバーで表示しています。
- ⑮ Back to Input Listボタン：Gene Ontology解析を実行した元の画面（遺伝子リスト画面あるいは相互作用情報画面）に戻ります。
- ⑯ 解析結果ダウンロードボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで「ファイルを保存する」を選択すると、表示されているテーブルをタブ区切りのテキストファイル形式でダウンロードします。
- ⑰ 履歴保存ボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで適当な名前を入力して保存すると、ユーザーごとの履歴にGene Ontology解析の結果を保存します。絞り込み結果は保存されません。保存した相互作用情報は履歴画面から呼び出せます（→履歴画面）。
GOツリー画面
GO term間の関係は「biological process」「cellular component」「molecular function」の3つのGO termを最上位とする階層構造で表現されます。GOツリー画面では、GOテーブル画面にリストアップされたGO termが階層構造のどこに位置しているのかを見ることができます。
- ① 表示画面選択：ラジオボタンのチェックによりGOテーブル画面とGOツリー画面を切り替えます。
- ② 遺伝子リスト表示ボタン：ボタンをクリックして表示される枠にGene Ontology解析を行った遺伝子リストを表示します。
- ③ 遺伝子数表示：Gene Ontology解析を行った遺伝子リストの遺伝子数を表示します。
- ④ p-value閾値設定：この枠に入力された値未満のp-valueであるGO termがテーブルに表示されます。初めてGene Ontology解析を行った場合、この枠には0.05が入力されています。ユーザーがこの枠に入力した値はウェブブラウザのクッキーに記録され、次回以降にも同じ値が利用されます。
- ⑤ Display all categoriesボタン：ラジオボタンにチェックを入れると、解析を行った遺伝子リストの遺伝子に関連付けされているGO termをすべて赤色で表示します。
- ⑥ Display only filtered categoriesボタン：ラジオボタンにチェックを入れるとp-value閾値設定（④）の値未満のp-valueであるGO termが赤色で、そうでないGO termは灰色で表示します。
- ⑦ 赤色のGO term：Display all categories（⑤）にチェックが入っている場合は解析を行った遺伝子リストの遺伝子に関連付けされているGO termすべて、Display only filtered categories（⑥）にチェックが入っている場合はp-valueがp-value閾値設定（④）の値未満であるGO termが赤色で表示されます。
- ⑧ 灰色のGO term：Display only filtered categories（⑥）にチェックが入っている場合はp-valueがp-value閾値設定（④）の値以上であるGO termが灰色で表示されます。
- ⑨ 黒色のGO term：GOツリーの中で解析を行ったどの遺伝子リストにも関連付けされていないGO termが黒色で表示されます。
- ⑩ フォルダアイコン：GOツリー中で下位のGO termを持っているGO termにはフォルダアイコンが表示されています。このアイコンをクリックすると自分の下位にあるGO termは折り畳まれて非表示になり、もう一度クリックすると再表示されます。
- ⑪ Expand All：クリックするとGOツリー中の折り畳まれている枝がすべて展開されます。
- ⑫ Contact All：クリックするとGOツリーが折り畳まれ、最上位の3つのGO termのみが表示されます。
- ⑬ Back to Input Listボタン：Gene Ontology解析を実行した元の画面（遺伝子リスト画面あるいは相互作用情報画面）に戻ります。
同一カテゴリー遺伝子リスト画面
- ① GO ID/GO term：遺伝子リストの検索元であるGO ID/GO termです。
- ② 遺伝子数：Genpacデータベースにおいて検索元のGO term（①）に関連付けられている遺伝子数です。
- ③ ページメニュー：1ページあたりの相互作用情報の表示件数の設定とページ移動のメニューです。使い方は複数遺伝子検索画面のものと同様です。
- ④ 遺伝子シンボル名ソートボタン：見出し欄をクリックすると、遺伝子シンボル名でテーブルをソートします。クリックするたびに降順ソート・昇順ソートが交互に切り替わります。
- ⑤ 遺伝子シンボル名：遺伝子シンボル名をクリックすると、クリックした遺伝子の相互作用情報画面に移動します（→相互作用情報画面）。
- ⑥ 遺伝子名：遺伝子のフルネームです。
- ⑦ Entrez Gene ID：検索でヒットした遺伝子のEntrez Gene ID。Entrez Gene IDはEntrez Geneへのリンクになっています。
- ⑧ Back to GO Listボタン：ボタンをクリックするとGOテーブル画面に戻ります。
- ⑮ 遺伝子リストダウンロードボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで「ファイルを保存する」を選択すると、このテーブルに表示されている遺伝子シンボル名, 遺伝子名, 生物種名, Gene IDをタブ区切りのテキストファイルで出力します。
- ⑯ GO Enrichmentボタン：検索でヒットした遺伝子リストに対してGene Ontology解析を実行します（→Gene Ontology解析画面）。
- ⑰ Bulk Searchボタン：検索した遺伝子リスト中の各遺伝子について相互作用情報の検索を実行します。検索結果は1つのタブ区切りテキストファイルにまとめられ、ダウンロード先のURLがユーザー登録したメールアドレスに送信されます（→複数遺伝子の相互作用情報の検索・ダウンロード）。
- ⑱ 履歴保存ボタン：ボタンをクリックして表示されるダイアログで適当な名前を入力して保存すると、ユーザーごとの履歴にここで検索した遺伝子リストが保存されます。保存した遺伝子リストは履歴画面から呼び出せます（→履歴画面）。
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